Generalmente, los servidores basados en Linux no nos muestran los archivos que empiezan con un punto («.»), ni en los programas FTP ni incluso en los gestores de archivos que nos ofrecen los paneles de control, puesto que están ocultos. Es por esto que uno de los archivos que no muestran es el .htaccess.
Para solucionar este problema, debemos decirle al programa o aplicación web que muestra los archivos y directorios que muestre también los ficheros ocultos. Esto, en el caso de FileZilla, se hace desde el menú Servidor > Forzar mostrar archivos ocultos.
Generalmente todos los programas FTP (pero no todas las aplicaciones web que ofrecen los hostings) tienen esta opción, así que es simplemente buscarla y activarla.